A kabinet június 5-i határozatában hagyta jóvá, hogy az árvíz- és a belvízvédekezés, a vízkárelhárítás, a helyreállítás költségeire, valamint a márciusi rendkívüli időjárással összefüggő kiadások finanszírozására a Magyarország 2013. évi központi költségvetésében szereplő 260 millió forintos előirányzat legfeljebb 15 milliárd forint összeggel túlléphető. Ezt az összeget emelte meg újabb 5,3 milliárd forinttal a mostani kormányhatározat.

A veszélyhelyzetet június 4-én a Duna felső szakaszain, 10-én pedig az alsóbb részeken érintett területekre hirdette ki a kormány. Ezt Pintér Sándor belügyminiszter javaslatára a parlament július 19-ig meghosszabbította. Az országban intenzív árvízi védekezés hat napon keresztül, 807,4 kilométer hosszú töltésen folyt.

Magyarországon először június 7-én Győr-Moson-Sopron megyében, Nagybajcsnál 907 centiméteren tetőzött a Duna. Ez 35 centiméterrel volt magasabb az eddig ott mért legnagyobb vízállásnál. A fővárosban június 10-re 891 centiméterrel tetőzött a folyó, 31 centiméterrel túllépve az addigi legmagasabb értéket. Mohácsnál június 13-án 964 centiméternél érte el a Duna a legmagasabb állását, húsz centivel alacsonyabb értéken az eddig mért legnagyobb vízállásnál.

A Duna 47 285 hektárnyi külterületet öntött el, 36 575 hektár erdőt és 10 710 hektár mezőgazdasági területet. A védekezés során a gátak megerősítésére, ideiglenes védművek kialakítására 10 179 046 homokzsákot és 242 500 köbméter homokot használtak fel, 254 munkagépet, 1092 szállítóeszközt és 338 szivattyút működtettek. Kilenc helikoptert és 573 terepjárót vettek igénybe a rendkívül nehéz körülmények áthidalásához.